France

Mutation du Covid-19

« On a ouvert la boîte de Pandore, et, oh surprise, le petit virus échappe à tout contrôle, aucun vaccin n’est envisageable à ce taux de mutation. » « Je vois mal comment on peut penser faire un vaccin contre un virus qui a déjà muté trente fois en si peu de temps ! »

Ces commentaires d’internautes sur Facebook font suite à la publication ce lundi d’une nouvelle étude chinoise sur le coronavirus , dont les résultats ont été relayés par différents sites scientifiques. Un article de Trustmyscience, titré « Covid-19 : le virus aurait déjà muté en plus de trente souches différentes et distinctes selon les chercheurs chinois », a ainsi été largement partagé sur les réseaux sociaux.

Depuis son émergence, le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 aurait connu beaucoup plus de mutations que ce que les chercheurs pensaient jusqu’ici. En effet, selon une nouvelle étude, le virus aurait déjà muté en plus de 30 souches différentes et distinctes. De plus, la souche présente en Europe serait l’une des plus pathogènes.

La nouvelle étude a révélé que différentes souches pouvaient générer des niveaux de charge virale très différents les uns des autres. Cela rend le virus bien plus dangereux que l’on pourrait le penser. L’une de ces souches, par exemple, semble générer 270 fois la charge virale de base : cela signifie qu’une personne infectée par cette dernière produit 270 fois plus de virus qu’avec la souche la moins forte.

Selon les résultats de l’étude, la capacité de mutation du virus a jusqu’à présent été largement sous-estimée, et a joué un rôle important dans l’impact qu’a pu avoir la maladie dans différents endroits du monde.
Une capacité de mutation fortement sous-estimée

De ce fait, cela rend la lutte contre les infections beaucoup plus compliquée et facilite par la même occasion sa propagation, ce qui explique également hypothétiquement pourquoi certains cas de COVID-19 sont nettement plus graves que d’autres. « SARS-CoV-2 a acquis des mutations capables de modifier considérablement sa pathogénicité », explique dans un document Li Lanjuan, l’un des épidémiologistes les plus prolifiques de Chine et chercheur à l’Université du Zhejiang, publié sur le serveur de préimpression MedRxiv dimanche, mais qui n’a pas encore été approuvé par les pairs.

Au 23 avril 2020 10h00, selon l’OMS*, on dénombre 2 544 792 cas confirmés de Covid-19, et 175 694 décès. Au-delà des cas confirmés, il existe aussi des cas suspects de Covid-19, dont la définition évolue avec le temps et la propagation de l’épidémie. De plus, les critères varient d’un pays à l’autre.

Une souche particulièrement virulente sévit en Europe

Les résultats des chercheurs retracent également différentes souches provenant de l’épidémie dans différentes parties du monde, constatant que la version du SARS-CoV-2 qui s’est répandue en Europe et à New York, est beaucoup plus meurtrière que celle qui a frappé d’autres régions, comme l’État de Washington (où une mutation plus légère s’est répandue), aux États-Unis. En effet, la souche qui est particulièrement virulente a été détectée chez les malades des pays européens les plus durement touchés : notamment l’Italie et l’Espagne.

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Les différences en matière de mortalité entre les pays touchés par la pandémie s’expliqueraient donc en partie par ces mutations.

La réponse médicale doit tenir compte des mutations

Le constat de cette étude pourrait mettre en lumière les différences de mortalité entre les régions et les pays, selon la souche de SARS-CoV-2 présente.

Bien entendu, il faut également rappeler que la létalité du virus dépend également d’un certain nombre d’autres facteurs tels que : les conditions de soins (qualité et disponibilité des hôpitaux, comprenant le matériel et les ressources), l’âge de la population, les groupes sanguins, (…).

La réponse médicale doit absolument tenir compte des nombreuses mutations du virus : « Le développement de médicaments et de vaccins, bien qu’urgent, doit prendre en compte l’impact de ces mutations accumulées… pour éviter les pièges potentiels », ont expliqué Li et ses collègues. En effet, le fait que le virus mute en autant de souches différentes en si peu de temps implique qu’en fonction de la souche, la réponse médicale doit s’adapter (et parfois différer de région en région) pour rester efficace.

Voir tous les chiffres pays par pays

En France, le 23 avril 2020 14h, selon l’agence nationale Santé publique France**, on dénombre 120 804 cas confirmés de Covid-19, 29 219 personnes actuellement hospitalisées dont 5 053 en réanimation, et 21 856 décès. Les autres sont guéris, ou diagnostiqués et pris en charge en milieu hospitalier. Toujours d’après Santé publique France, deux types de cas sont à distinguer : les cas possibles et les cas confirmés. Les premiers concernent les personnes présentant des signes cliniques selon les différentes possibilités d’exposition établies par les autorités sanitaires (séjour récent en Chine, contact étroit ou proximité avec un cas confirmé, itinéraire similaire à celui d’un cas confirmé, …). Les seconds, les cas confirmés, sont les cas possibles sur lesquels l’analyse d’un prélèvement confirme l’infection par le SARS-CoV-2.

Quelques faits marquants

Après une flambée épidémique en Chine en janvier-février, la situation épidémique a évolué au niveau mondial depuis le week-end du 22-23 février 2020. Avec l’intensification des foyers en Corée du Sud, au Japon, et à Singapour, et l’apparition de nouveaux foyers en Iran et en Italie. Dans ces pays, on assiste alors à une diffusion communautaire, sans lien identifié avec des cas importés de Chine.

Fin février 2020, deux mois après son apparition en Chine, l’épidémie semble y avoir atteint un pic. Le 9 mars 2020, les autorités chinoises annoncent la réouverture de lieux publics et la fermeture d’hôpitaux de campagne, alors que le nombre de nouveaux cas est en forte diminution dans le pays.

Le 10 mars 2020, tous les pays de l’Union européenne sont désormais touchés par le Covid-19.

Le 11 mars 2020, l’OMS annonce que le Covid-19 peut être qualifié de pandémie, la première déclenchée par un coronavirus.

Le 14 mars 2020, à minuit, la France entre en “stade 3” d’épidémie active sur le territoire. Pour ralentir la diffusion sur le territoire et réduire les risques de tension sur le système hospitalier pour la prise en charge des formes les plus graves, les mesures de distanciation sociale sont renforcées, avec la fermeture de tous les lieux de regroupements non indispensables (cafés, restaurants, cinémas, discothèques…). Les magasins alimentaires, pharmacies, banques, bureaux de tabac, stations-essence restent ouverts et achalandés.

Le 16 mars 2020, le Président de la République Française a décidé de prendre des mesures pour réduire à leur plus strict minimum les contacts et les déplacements. Un dispositif de confinement est mis en place sur l’ensemble du territoire à compter du mardi 17 mars à 12h00, pour quinze jours minimum. Les déplacements sont interdits sauf dans certains cas : voir Gouvernement.fr.

Le 16 mars 2020, l’OMS dénombre presqu’autant de cas en Chine qu’hors de Chine : 165 515 cas confirmés dans le monde, dont 81 077 en Chine et 86 438 hors de Chine (dans 143 pays différents). Et 3 218 décès en Chine et 3 388 hors de Chine.

Le 27 mars 2020, en France, le confinement est prolongé jusqu’au mercredi 15 avril.

Le 7 avril 2020, la Chine enregistre pour la première fois zéro décès sur 24 heures (source OMS). Après minuit, dans la nuit du mardi 7 au mercredi 8 avril, les barrières qui fermaient les routes reliant Wuhan au reste de la Chine ont été levées. Près de 11 millions de Wuhanais et de visiteurs étaient confinés dans l’épicentre de l’épidémie due au coronavirus depuis soixante-seize jours.

Le 7 avril 2020, Singapour décide un confinement total de sa population, faisant face à une deuxième vague d’infections. Figurant parmi les premiers endroits de la planète à avoir détecté des cas de Covid-19, après son apparition en Chine, Singapour avait pourtant réussi à en contenir la propagation grâce à une stratégie de contrôle stricte et de traçage des contacts avec les personnes infectées.

Le 13 avril 2020, en France, le confinement est prolongé jusqu’au lundi 11 mai. La sortie du confinement sera ensuite progressif (lire l’avis du Pr Philippe Sansonetti “Covid-19 : chronique d’une émergence annoncée / sortie de confinement, ou la somme de tous les dangers”).

Le 17 avril, en Chine, le nombre de décès attribués au Covid-19 grimpe de près de 50 %, passant de 2 579 à 3 869. Les autorités chinoises évoquent des problèmes de remontées d’informations et aussi des malades parfois non testés ou non pris en charge par les hôpitaux avant le 20 février. (source Le Monde).

Cause

Cette pneumonie est une maladie infectieuse causée par un virus appartenant à la famille des coronavirus, pour le moment identifié sous le nom de SARS-CoV-2. Le réservoir de virus est probablement animal. Même si le SARS-CoV-2 est très proche d’un virus détecté chez une chauve-souris, l’animal à l’origine de la transmission à l’homme n’a pas encore été identifié avec certitude. Plusieurs publications suggèrent que le pangolin, petit mammifère consommé dans le sud de la Chine, pourrait être impliqué comme hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’homme.

Symptômes

La durée de l’incubation est en moyenne de 5 jours, avec des extrêmes de 2 à 12 jours. L’installation des symptômes se fait progressivement sur plusieurs jours, contrairement à la grippe qui débute brutalement.
Les premiers symptômes sont peu spécifiques : maux de tête, douleurs musculaires, fatigue. La fièvre et les signes respiratoires arrivent secondairement, souvent deux ou trois jours après les premiers symptômes.
Dans les premières études descriptives provenant de Chine, il s’écoule en moyenne une semaine entre l’apparition des premiers symptômes et l’admission à l’hôpital à la phase d’état de la maladie.

A ce stade, les symptômes associent fièvre, toux, douleurs thoraciques et gêne respiratoire et la réalisation d’un scanner thoracique montre presque toujours une pneumonie touchant les deux poumons. D’autres signes cliniques ont été décrits depuis les premières études : des signes d’atteinte du système nerveux central s’exprimant en particulier chez les personnes âgées sous la forme d’une désorientation ; des pertes brutales du goût ou/et de l’odorat, événement qui restent peu fréquents mais qui permettent d’affirmer le diagnostic de Covid-19.

La gravité des signes cliniques nécessite le maintien à l’hôpital d’environ 20% des malades et 5% nécessitent une admission en réanimation. Les formes les plus graves sont observées principalement chez des personnes vulnérables en raison de leur âge (plus de 70 ans) ou de maladies associées.

Des études observationnelles privilégiées (comme celle menée chez les passagers du bateau de croisière Diamond Princess) ainsi que des travaux de modélisation ont montré que l’infection peut être asymptomatique ou paucisymptomatique (entrainer pas ou peu de manifestations cliniques) chez 30 à 60 % des sujets infectés.

Transmission

La majorité des cas initialement décrits concernait des personnes ayant fréquenté un marché d’animaux vivants. L’hypothèse d’une zoonose (maladie transmise par les animaux) est donc privilégiée. La transmission interhumaine est établie et on estime qu’en l’absence de mesures de contrôle et de prévention, chaque patient infecte entre 2 et 3 personnes.

Comment se fait le diagnostic ?

Un test diagnostic du coronavirus Covid-19 est effectué, dans tous les établissements de santé de références, en cas de suspicion de la maladie validée par le SAMU et par un infectiologue référent. Ce test concerne toute personne présentant des signes de syndrome de détresse respiratoire aiguë pour laquelle aucune étiologie n’a pu être identifiée, sans notion de voyage/séjour dans une zone d’exposition à risque ou de contact étroit avec un cas confirmé de Covid-19. Par ailleurs, la définition d’un contact étroit inclut désormais tout contact à partir de 24 heures précédant l’apparition des symptômes d’un cas confirmé de Covid-19.

Ces définitions sont susceptibles d’évoluer à tout moment, en fonction des informations disponibles, et sont consultables sur le site de Santé publique France.

Le test diagnostique spécifique, développé par le Centre national de référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) de l’Institut Pasteur afin de détecter ce nouveau virus sur des prélèvements d’origine respiratoire, est disponible dans de nombreux hôpitaux du territoire national français.
Précautions / Prévention

S’abstenir de toute sortie non indispensable dans un lieu public.

Ne participer à aucun regroupement, qu’il soit de nature professionnelle, sociale ou familiale.
Eviter tout contact avec des personnes vulnérables (personnes âgeés…).
Eviter de fréquenter de lieux où se trouvent des personnes fragiles (hôpitaux, maternités, structures d’hébergement pour personnes âgées…).

Les gestes barrières sont efficaces :

Se laver les mains régulièrement (eau + savon) ou utilisez une solution hydroalcoolique.
Tousser ou éternuer dans votre coude, ou dans un mouchoir.
Utiliser des mouchoirs à usage unique (et les jeter à la poubelle après le premier usage).
Saluer sans serrer la main, sans embrassades.

Conserver une distance d’au moins 1,5 mètre avec tout interlocuteur.

(Source: Institut Pasteur, Gouv.fr)

David SCHMIDT

David SCHMIDT

Journaliste reporter sur Davidschmidt.fr. Chroniqueur radio sur Form.fr.

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